Il museo dedicato a Luigi Ferdinando Marsili, fondatore dell'Istituto delle Scienze e delle Arti nel 1711, è stato inaugurato nel 1930 in occasione del secondo centenario della morte. Arricchito da stucchi e rifiniture in bianco e oro, ospita il ritratto equestre di Marsili di Antonio Zanchi e Antonio Calza, pittori di spicco del Settecento barocco, e il monumento Il genio e la virtù di Petronio Tadolini, scultore attivo a Bologna tra la fine Settecento e l'inizio dell'Ottocento.
L'allestimento espone manoscritti, tra cui l'autobiografia di Marsili, mappe come la topografia dei luoghi di culto dell'Armenia (sec. XVII), volumi a stampa, strumenti scientifici, coralli, pesci essiccati e modelli di artiglieria: documenti che raccontano la vita di questo uomo d'armi e studioso eclettico, esperto di storia naturale, geografia, antiquaria, lingue orientali e scienze militari.
