Ritratto di Luigi Ferdinando Marsili a cavalloIl Museo Marsili venne inaugurato nel 1930, in occasione del secondo centenario della morte del conte e generale Luigi Ferdinando Marsili (1658-1730), fondatore dell'Istituto delle Scienze di Bologna.

Nelle bacheche sono esposti manoscritti, libri, cimeli e altri oggetti significativi, che documentano i molteplici aspetti dell'attività di Marsili, sia in quanto studioso, enciclopedico ed eclettico, sia in quanto militare. Vi compaiono inoltre libri e documenti riguardanti la fondazione dell’Istituto delle Scienze di Bologna, inaugurato nel 1711 ed entrato in funzione nel 1714.

Nella sala, arricchita da stucchi e rifiniture in bianco e oro, campeggia il grande ritratto equestre di Marsili, opera di Antonio Zanchi e Antonio Calza.