Voluta dal papa Benedetto XIV, il bolognese Prospero Lambertini (1675-1758), la costruzione dell’imponente nuova biblioteca dell’Istituto delle Scienze di Bologna venne completata nel 1744 su progetto di Carlo Francesco Dotti (1669-1759) e venne aperta al pubblico nel 1756.
La sala, lunga 35 metri e larga 11, ha una volta sostenuta da quattro grandi colonne ornate da capitelli corinzi ed è arredata con pregiate scaffalature d’epoca in noce massiccio, con rifiniture in radica.
Nella parte alta è coronata da busti in terracotta rappresentanti uomini illustri della cultura antica, realizzati da plasticatori bolognesi settecenteschi, come Petronio Tadolini, Filippo Balugani e Filippo Scandellari.
I 28 busti raffigurano, entrando da destra: Virgilio, Omero, Cicerone, Demostene, Tito Livio, Tucidide, Plinio il Vecchio, Tolomeo, Archimede, Galeno, Ippocrate, Aristotele, Platone, Esdra, Mosè, S. Gregorio Magno, S. Giovanni Crisostomo, S. Basilio Magno, S. Agostino, S. Tommaso D'Aquino, John Duns Scotus, Pietro Lombardo, Francisco Suarez, Gregorio IX, Graziano, Giustiniano, Triboniano, Accursio.
Due iscrizioni del 1756, poste sopra la porta di ingresso e sul finestrone sono dedicate rispettivamente a Filippo Maria Monti e Benedetto XIV.
La biblioteca dell'Istituto delle Scienze divenne Biblioteca Universitaria quando la stessa Università di Bologna si trasferì dalla sede dell'Archiginnasio in Palazzo Poggi, nel 1803.
Il nome di Aula Magna è dovuto, oltre che alle sue ragguardevoli dimensioni, al fatto che, dal 1803 al 1930, è stata usata come Aula Magna dell'Università.
Dagli anni '90 del Ventesimo secolo è adibita ad ambiente di rappresentanza, sede di convegni, conferenze, mostre.